После Косовске битке 1389. године дошло је до значајне миграције Срба ка северу, која је прешла етничку границу области насељених Србима. Немамо поуздане податке о томе када су Срби у селу Ловри подигли своју прву цркву. И даље није разјашњено да ли су Срби већ насељавали ово место пре такозване велике сеобе (1690) или су се ту населили тек након ње. Историјски извори сведоче да је ово подручје увек било у власништву мађарске краљице. У време владавине Беле II (1131–1141) овај посед је као мираз добила његова супруга Јелена (Илона), ћерка великог српског жупана Уроша. Белош, палатин и рођени брат краљице Јелене, подигао је највероватније православну капелу која је касније функционисала као манастир. Даљња судбина манастира није позната. Вероватно је страдао или је наставио да делује као католички манастир. Према опису Ханса Дерншвама, представника Фугера, у Ловри је 1550-их година постојао манастир. У околини Ловре Срби су живели већ у XV веку, о чему сведочи и постојање српског православног манастира у Српском Ковину (1487). Извори, међутим, показују да су на Чепелском острву Срби живели и у време Османске владавине. Тако се, на пример, у попису војника XVI века адоњске паланке помињу и војници који потичу са Чепелског острва. Осим српско-ковинског манастира, постојао је још један манастир, и то на једном од дунавских острва код Јерчина, неколико километара од Ковина. У писму упућеном Мађарској комори, датованом у Српском Ковину 25. августа 1692. године, Арсеније Чарнојевић тражи дозволу за преузимање тог манастира, који се налази на острву близу Јерчина, како би могао да пошаље монаха, јер је манастир и раније био српски. У Срему Срби се помињу још у XIII веку, у време краља Драгутина, чија је супруга Катарина била ћерка мађарског краља Беле V. Током XV века у том подручју основано је више манастира. У једном папском писму из 1221. године помиње се да је у Вишеграду деловао православни словенско-грчки манастир. После Косовске битке, српски деспот постаје Стефан Лазаревић (1389–1427), син погинулог кнеза Лазара. Након битке код Ангоре (1402) постаје савезник и вазал угарског краља Жигмунда. Од краља Жигмунда добија великe posede у околини Дебрецена и Бесермена, где насељава Србе. Нажалост, немамо писаних извора који би потврдили да ли су имали цркве, свештенике и који је православни епископ надзирао те заједнице. Српски деспот је, вероватно, подигао и палату у Будимском двору. Неки српски историчари сматрају да у ово време настаје Будимска српска православна епископија, јер извори помињу будимскog епископa Саву, који је вероватно био дворски епископ деспота Стефана. Помиње се и да су у XV веку над православнима у Угарском краљевству јурисдикцију имали епископи у Мачви и Бранчеву, као и београдски митрополит. Историјски документ потврђује догађај од 10. октобра 1440, када је угарски краљ Владислав I (1440–1444) издао повељу којом дозвољава Србима из места Кovina да се населе на srpskokovinskom делу Чепелског острва (Oppidum Keviensium, касније Rascianorum Keviensium). Ови Срби, који су се углавном бавили трговином, 1487. године подижу цркву која ће касније функционисати као манастир и обнове готичку капелу. После Мохачке битке српске породице се насељавају у опустелим областима освојеним од Османског царства. Ова миграција се делом одвијала спонтано, а делом организовано, јер су многи Срби служили као мартолоси у османској војсци. О њиховој црквеној организацији се зна веома мало. Пресудна година за Србе у Османском царству била је 1557, када је, захваљујући породици Соколовић, обновљена Српска патријаршија. Манастир Грабовац у жупанији Толни основан је 1585. године од стране избеглих монаха манастира Драговића из Далмације. Манастир и данас функционише и претпоставља се да је у 17–18. веку служио и као нека врста богословске школе. Грабовац је данас место ходочашћа српске заједнице у Мађарској, где се верници окупљају прве недеље после 12. јула; долазе и бројни ходочасници из Србије и Хрватске.